Büyük Millet Meclisi (B.M.M)’nin açıldığı tarihlerde Anadolu’nun iç ayaklanmanın etkisiyle nasıl olağanüstü bir tehlike içinde olduğunu görmüştük. Asayişsizlik, eşkıya, sefalet Anadolu’yu sarmıştı. Yunan ordusunun ilerleyişi de moralleri iyice bozmuştu. Asker kaçaklarının yarattığı tehlike büyük boyutlara ulaşmıştı. Silah altına çağırılan, İstanbul Fetvası’nın ve Padişah’ın askerliğin kaldırıldığını bildiren ve B.M.M’ni gayrı meşru ilan eden Ferman’ın etkisi altında kalarak ya askere gelmiyor veya şubelerden ve kıtalarından kaçıyorlardı. Kaçarken kendisine verilmiş olan silah ve cephanesini de götürüyordu. Bunlar iç ayaklanmaların insan gücünü oluşturuyorlardı. Bu sebeple T.B.M.M düşmanla savaşacak ordu bulamıyordu. Hatta cephanelikleri koruyacak nöbetçi bulmakta güçlük çekildiği durumlara rastlanıyordu. Ayrıca casus, bozguncu, aleyhte propaganda ajanları, düşman ve İstanbul hükümeti ile işbirliği yapanlar, düzenli ordu kurulmasını engelleyenlerin yarattığı tehlikede Ankara’yı sarmıştı. Bütün bu sorunları çözmek, Ankara’nın B.M.M irade ve otoritesini bütün Türkiye’de egemen kılması gerekiyordu. Yunan ordusu önünde savaşacak düzenli bir askeri kuvvet olmadığı için kolayca ilerliyordu. Düzensiz bölgesel direniş çeteleri olan Kuvay-i Milliye ise düşmanı oyalamaktan başka bir şey yapamıyordu. Meşru olmayan ve merkezi otoriteden yoksun, sorumsuz kuvvetlerle devletin gücünü kurmak olanaksızdı. Yunan cephesi, yalnızca Aydın, Manisa ve Bursa cepheleri değil, işgale uğramış, uğramamış bütün vatan topraklarının kurtuluşu için, ulusun tüm varını ortaya koyup savaşması gerektiği bir vatan cephesiydi. Bu sebeple bütün ulusun inanç birliği içinde ve bir otorite altında bütünleşmesi gerekiyordu. Mustafa Kemal Atatürk, daha Kasım 1919’da Ulusal güçlerin örgütlenmesini bildirmişti. Fakat Meclis’in açıldığı tarihte ulusal otorite bir türlü sağlanamıyordu. Padişah ve Hükümetin yarattıkları anarşi, olağanüstü boyutlara ulaşmıştı. Ayaklanmalar, soygun ve askerden kaçma olayları karşısında, Müdafaa-i Hukuk Dernekleri, Kuvay-i Milliye ve askeri birlikleri komutanları kendi güçlerine ve M. Kemal’in 17 Mart 1920’de yayınladığı “Vatanın çıkarlarına aykırı, memleketin huzur ve asayişini bozanların din ve millet farkı gözetmeksizin kanunen şiddetle cezalandırılmaları.” ve 21 Nisan’da Feke Kaymakamı’na gönderdiği “Ulusal harekatı fırsat bilip çapulculuğa kalkışanlara karşı Kuvay-i Milliye komutanlarıyla irtibat kurarak en şiddetli cezaların verilmesi”ni bildiren emirlerine dayanarak , suçluları asmaya kadar varan cezalar uygulanıyor, askerden kaçanların mallarına el konuyor ve evleri yıkılıyordu. Ancak bu yöntem Meclis açıldıktan sonra M. Kemal Paşa tarafından istenmiyordu. Çünkü kanuni yöntemlerden ayrılanlar bulunuyordu. Oysa M. Kemal, mutlaka yasaların üstün olmasını istiyordu. Bazen casus, bozguncu, propagandacı ve kaçaklar için, 1914’de çıkarılmış bulunan “Esrar’ı Askeriyeyi İfşa ve Casusluk ve Hiyaneti Harbiye Hakkında Kanun” uygulanıyordu. Ancak bu kanun Osmanlı kanunu olduğu için, Damat Ferit Paşa ve Padişah aleyhine davrananların vatan haini olacağı anlamını çıkarıyordu.

Ülkede iç güvenliği sağlamak, ulusal amaç çevresinde birleşmek ve T.B.M.M.’nin otoritesini egemen kılmak, huzur ve güvenliği sağlamak, kaçak olaylarının önüne geçip, düzenli orduyu kurmak için merkezi otoriteyi gerçekleştirecek bir yönteme ihtiyaç vardır. Özellikle Fransız Devrimi’nde, devrim rejiminin olağanüstü yöntemlerle ve yetkilerle donatılmış kuruluşlarca başarılı olduğu görülmüştür. 25 Nisan 1920’de Mehmet Şükrü Bey T.B.M.M.’nin otoritesine bütün “Osmanlı tebaasının” uyması için, Ulusal Meclis in kararları aleyhinde bulunanlar veya uymayanlar ancak vatan haini olabilirler ve bu gibilerin de vatana ihanetle suçlanmaları gerekçesiyle bir önerge verdi. Osmanlı kanunlarıyla işlerin yürütülmesini isteyenlerin karşı koymalarına rağmen Meclis 29 Nisan 1920’de “Hıyanet-i Vataniye Kanunu”nu kabul etti.

Hıyanet-i Vataniye Kanunu’nun anlamı şöyledir: Yüce hilafet ve saltanat makamını ve Padişah’ın topraklarını düşman elinden kurtarmak için kurulmuş bulunan B.M.M’nin meşruiyetinin fiilen veya yazılı veya sözle karşı koyanlar vatan hainidirler. Bunların cezası idamdır. Bu kanun, Meclis in otoritesinin sağlanması ve birliğin kurulmasında çok önemli bir adımdı. Hilafet ve saltanat makamının kurtuluşu ile ilgili sözler ise, Padişah’a olan dinsel ve geleneksel bağların etkisi ve Meclis’teki saltanatçıların isteği ile konulmuştu; ancak kanunun uygulanması için olağan mahkemeler görevlendirildi. Bu sebeple dört aylık uygulama sonunda istenilen başarı elde edilemedi. Diğer yandan Kuva-yi Milliye’nin kendi uygulaması sürüyordu. Kitle halinde yapılan idamlar halkı Meclis’e karşı tepkiye itiyordu. Af dileyerek ulusal mücadeleye katılmak isteyenlere fırsat verilmiyordu. Diğer yandan asker kaçaklarına hapis cezası verilmesi sebebiyle birçok kişi cephede çarpışmaktansa, hapis yatmayı göze alarak firarı yeğliyorlardı. Asker kaçağına yardım edenlere ise kanunda bir ceza getirilmiyordu. Hiyanet-i Vataniye Kanunu’nu uygulayan mahkemeler Osmanlı döneminin yöntemleriyle çalışıyorlardı. Ulusal mücadelenin koşullarına cevap veremiyorlardı. Mahkeme kararına itiraz bir üst mahkemeye başvurmak, temyiz gibi olağan dönemlerin uygulamaları davaların hızını düşüyor, cezanın ibret yönünü ortadan kaldırıyordu. Ulusal otoritenin sağlanabilmesi için devrim yöntemlerine başvurulması zorunlu duruma gelmişti. 

18 Ağustos 1920’de Dr. Tevfik Rüştü ve Mustafa Necati Beyler, Meclis’te “Telkin ve Tedhiş Kanunu” için bir öneri verdiler. Bu önerinin 3,4,5’inci maddelerine göre bu öneri tehlikenin olağanüstü boyutlarını ortaya koyması bakımından önemliydi. Cezalar ağır bulunduğu için bu kanun önerisi reddedildi. Fakat olağanüstü devrim yöntemleri aranıyordu. Dr. Tevfik Rüştü Bey, çeteler ve kaçakların yarattığı tehlike karşısında M. Kemal’e “İhtilal Mahkemeleri” kurulması için bir öneri verdi. Fakat sonra ismi “İstiklal Mahkemeleri” olarak değiştirildi. Hıyanet-i Vataniye Kanunu, 4 aydır yürürlükte olduğu halde Dr. Tevfik Rüştü Bey asker kaçaklarının, bozguncu ve casusların ve çoğunlukla firarilerden kurulu çetelerin önlenebilmesi için “İstiklal Mahkemeleri” kurulmasının daha uygun olacağını bildirdi.

Mahkeme üyelerinin meclisten seçilmesi, bölgelerin meclis tarafından saptanması ve kanunu yürütme yetkisinin doğrudan doğruya meclise ait olmasıyla, Meclis, İstiklal Mahkemeleri aracılığıyla olağanüstü yargıya da sahip oldu. Kuvvetler birliği esasını ortaya koymasıyla, bu konuda Meclis otoritesine örnek olan “Fransız Devrim Mahkemeleri” üyelerinin meclis dışından seçilmesinin doğurduğu sakıncalar göz önüne alındı ve aynı hataya düşmemek için mahkeme üyeleri vekillerden seçilip, meclisin üstünlüğü sağlandı. Askeri ve sivil memurlar bu mahkemelerin emirlerini yürütmek zorundaydılar. Ulusal mücadelenin kazanılması ve güvenliğin sağlanması, meclis otoritesinin kurulması ve asker kaçaklarının önünün alınmasında büyük hizmetleri görülen İstiklal Mahkemeleri ulusal inanç ve ihtiyaçtan doğan inkılap ve ihtilal mahkemeleri özelliğini taşıyordu. Kanunun incelenmesin de açıkça anlaşılacağı üzere, İstiklal Mahkemelerinin verecekleri kararlar, idam dahil kesindi ve derhal uygulanacaktı. Karar verirlerken vicdan kanaatleri yeterliydi. Kararlara itiraz ve temyiz yoktu. Kararları ve emirleri bütün asker ve sivil memurlar uygulamak zorundaydılar. Böylece İstiklal Mahkemeleri sınırsız bir güce sahiptiler.

Yeni bir mahkeme kurulması düşünülürken en büyük sorun bağımsız ve süratli çalışıp, ulusal devrimin gerekçelerini uygulayacak özellikte olması idi. Normal mahkemelerin ve Harp Divanları’nın bu görevi yapamadıkları dört aylık uygulamada anlaşılmıştır. Kanunu önerenlerin düşüncesi Devrim yöntemlerine dayanıyor ve Fransız devrimi içinde olağanüstü yetkilere sahip olarak kurulan “Devrim Mahkemeleri’ni örnek alıyordu. 29  Ekim 1793’te resmen bu adı alan Fransız Devrim Mahkemeleri, Danton’un Mart 1792’de yaptığı teklifin Convention tarafından kabul edilmesi sonucu kurulmuştur. Bu mahkemeler devrim düşmanı her girişimi, hürriyet, eşitlik, birlik, Cumhuriyet’in bölünmezliği ilkesine, devletin iç ve dış güvenliği aleyhindeki her suikastı ve krallığı tekrar kurmak hedefini güden ulus egemenliğine karşı koyan bütün komploları yargılamak ve cezalandırmak yetkisi ile kurmuşlardı. Convertion, mahkeme üyelerini kendisi tayin ediyordu. Bu mahkemelerin  kararları kesin olup, bir üst mahkemeye başvurmak ve temyiz hakkı yoktu. Gerek kuruluş amacı ve şekli, gerekse yetkileri ve çalışma yöntemi bakımından İstiklal Mahkemeleri’ne örnek olduğu bu açık benzerlikle kolayca görülmektedir. Her iki ülkedeki bu mahkemeler, vatanın ve özellikle devrimin olağanüstü bir tehlike karşısında olduğu ve kurulan yeni rejimin savunmasını yapmak gerektiğinde birbirine çok benzeyen suçlara bakmak üzere, olağanüstü yetkilere sahip olarak kurulmuşlardır.

İstiklal Mahkemeleri’nin kurulduğu dönemde bölge ve üye seçiminin devam ettiği sırada, İstiklal Mahkemeleri’nin kuruluşunu sağlayan “Firariler Hakkında Kanun”un birinci maddesine bir ek madde kabul edildi. Komutanların “ekseri rütbeler arasında itaat ve inzibat sağlanmasına dayanan hukuk ve yetkileri saklı kalmak üzere vatanın hukuk ve hilafetin kurtuluşu ve bağımsızlığı için mücadele eden Büyük Millet Meclisi’nin çalışmasına ve amacına aykırı olarak düşman amaç ve çıkarlarını güçlendirme yollu teşkilat ve tahrikat ve kargaşa yaratanlar ve memleketin maddi ve manevi kuvvetlerini her türlü ne surette olursa olsun bozup, yıkmaya çalışanlar ve düşman hesabına asker ve siyasi casusluk edenlere, 29 Nisan 1920 tarihli Hıyanet-i Vataniye Kanunu’nun kapsadığı hükümlerden dolayı “tutuklu bulunanların mahkemelerin yapacağı ve hükümlerin infaz etme yetkisi İstiklal Mahkemeleri’nin kurulduğu bölgelerde adı geçen mahkemelere verilmiştir…” bu kanunla İstiklal Mahkemeleri’nin yalnız asker kaçaklarına ait olan yetkiler, vatan hainliği, ülkenin maddi ve manevi gücünün kırmaya çalışmak, casusluk, bozgunculuk, suçlarını da içine alarak çok genişlemiştir.

Görev yerlerine hareket etmeden önce toplanan İstiklal Mahkemeleri üyeleri ortak bir bildiri hazırladılar. Mahkemelerin devrimci karakterini gösteren bu bildiri mahkemelerin, niçin ve ne amaçla kurulduklarını, hangi suçları yargılayacaklarını ve yöntemlerini halka duyurdular. Ayrıca firarilere teslim olmaları için fırsat tanıdılar. İstiklal Mahkemeleri, bölgelerinin önemlerine göre çalıştılar. Ankara İstiklal Mahkemeleri, çalışmaya başlayınca ilk iş olarak, Sadrazam Damat Ferit Paşa’yı gıyabında vatana ihanet suçuyla yargıladı. Haziran ayında Meclis kararıyla vatandaşlıktan çıkarılmış bulunan Ferit Paşa ve Hadi Rıza Tevfik, Reşat Halis Beyleri, Ankara İstiklal Mahkemesi’nin bir numaralı kararı ile Sevr Antlaşması’nı imzaladıkları, ulusu bölmeye çalıştıkları, cinayetlere sebep oldukları için vatana ihanet suçuyla gıyaben idama mahkum oldular. İhanetin en büyük kaynağı Padişah Vahdettin idi. Fakat M. Kemal ve baz arkadaşları dışında, halk, Meclis ve hatta komuta heyeti, Padişah’a dinsel ve geleneksel bağlarla bağlı olduklarından, Padişah İngilizlerin esiri kabul edilmekte, ihaneti bilindiği halde açıklanamamaktaydı. Ulusal mücadelenin amacı belirtilirken hatta Hıyanet-i Vataniye Kanunu’nda bile yapılan savaşın amacı Halife Padişah’ı kurtarmak olarak belirtilmişti. Teşkilat-ı Esasiye Kanunundaki Padişah’ın durumuna özel yer verilmişti. Bu yüzden İstiklal Mahkemeleri de Padişah için işlemde bulunmadılar.

1)- Birinci dönem: 18 Eylül 1920 ile 17 Şubat 1921 tarihleri arasında görev yapan mahkemedir. İstiklal Mahkemeleri yasasının kabulünden sonra Genelkurmay Başkanı İsmet Paşa 14 İstiklal Mahkemesi kurulması için öneride bulundu. Fakat sayısı çok görüldüğü için 7 mahkeme bölgesi saptandı. Bir ay sonra Diyarbakır’a da bir mahkeme kurulması kabul edilince sayı 8’e yükseldi. İstiklal Mahkemeleri’nin kurulduğu iller şunlardır: Ankara, Eskişehir, Konya, Isparta, Sivas, Kastamonu, Pozantı, Diyarbakır,

 2)- İkinci dönem: 30 Temmuz 1921 tarihi ile 1923 Ekim ayı arasında çalışan İstiklal Mahkemeleri’dir. İlk olarak 19 Ağustos 1921 tarihinde Kastamonu’da, 12 Ağustos 1921 tarihinde Konya’da 17 Ağustos 1921 Samsun 22 Eylül 1921 tarihinde Yozgat’ta kuruldu. İkinci İstiklal Mahkemeleri’nde asker kaçakları, kurtuluş savaşında düşmana yardım edenler ve isyan çıkaranlar yargılandı.

3)- Cumhuriyet Dönemi’nde kurulan İstiklal Mahkemeleri: 1923 ile 1927 yılları asında çalışan, isyanlarda ve olağanüstü hallerde kurulmuştur. 6 Nisan 1925 tarihinde Diyarbakır’da Şeyh Sait İsyanı sonrasında Şark İstiklal Mahkemeleri kuruldu. 2 Eylül 1920’de Milli Savunma Bakanlığınca hazırlanan “Firar Cerraimini İrtikap Edenler Hakkında Kanun Tasarısı” Meclis tarafından Milli Savunma encümenine gönderildi. 8 Eylül de M. Kemal’in önerisiyle gündeme alındı. Milli Savunma Bakanı Fevzi (çakmak) Paşa, olağanüstü ihtiyaca dayanarak savaş zamanına ait olmak üzere firariler hakkında kanunun kabulünü istedi. Asker kaçakları olaylarının çokluğunun vatanın kurtuluş ve bağımsızlığını tehlikeye düşürecek duruma geldiğini, bunun önüne ancak sert önlemlerle geçirileceğini, eski kanunun etkili olmadığını belirten Milli Savunma önergesi ile konu tartışmaya açıldı. Bu önerge ile Meclis’teki iki düşünce doğdu. Birincisi, “kanunun bir zaruret olduğu ve cephe gerisinin tutulabileceği, asayişin bu sayede sağlanabileceği.” İkincisi, “memleketi ve halkı korkuya düşüreceği, ulusal mücadeleyi arkadan vuracak kuvvetleri çoğaltacağı ve halkı paniğe götüreceği” idi. Muhalif olanların bireysel haklardan söz etmeleri çok ilginçti. Ulusun ve vatanın varlığı için savaşıldığı için bütün ülke kaynaklarının seferber edilmesi gerektiği, ayaklanmalar, firari, casus, bozguncu, eşkıya tehlikesin ülkeyi ve ulusu esir edecek boyutlara ulaştığı bir sırada bireyin özgürlüğünden söz etmek düşünülemezdi. Bu sebeple Meclis’te radikal grup ile tutucular arasında tartışmalar genişledi. 11 Eylül de kanun oy çokluğu ile kabul edildi.

Cezalarda amaç asker kaçaklarını cepheye döndürmekti. Ancak ağır suç işlemiş olanlar, askerden firar etmeyi alışkanlık haline getirenler ile firarları teşvik edenler ve yardım edenler suçlarının ağırlığına göre cezalar alıyorlardı. Sadece birkaç kez kaçmış askerlere halka açık bir yerde doktor gözetiminde 40-100 değnek cezası veriliyor, künyelerine de kaçak olduğu tekrar kaçması halinde idam edileceği yazılıyordu.

Kaçağın idam edilmesi en ağır cezaydı, bunun dışında evinin yakılması, firari dönene kadar ailesinden birisinin kendisinin yerine asker alınması yanı sıra eğer yaşadığı mahallenin muhtar veya imamı kaçağı yetkililere haber vermezlerse ağır para ve hapis cezası alıyordu. Rüşvet karşılığı firari askeri koruyan devlet görevlileri görevlerinden alınıyor ve 15-25 sene ağır hapis cezasına çarptırılıyordu. Rum asıllı Osmanlı vatandaşları esir düştüklerinde haklarında soruşturma yapılıyor, Osmanlı vatandaşı olanlar sadece asker kaçağı değil aynı zamanda vatan haini olarak yargılanıyor ve suçlu bulunursa idam ediliyordu. Türk askeri birliklerine sabotaj yapan yerli Rumlar da vardı. 59 yerli Rum bu suçtan vatan haini olarak yargılandı ve idam edildi. İsyanlara katılan elebaşları da idam cezasına çarptırılıyordu. Casuslara eğer suçu sabitse idam cezası veriliyordu. Bun casuslardan en tanınmışı Hint asıllı Müslüman bir İngiliz vatandaşı olan Mustafa Sağir’dir.

1)- Vatana ihanet ve ayaklanma.

2)- Casusluk.

3)- Bozgunculuk ve aleyhte propaganda.

4)- Görevi kötüye kullanma.

5)- Halka eziyet ve baskı.

6)- Asker ailesine saldırı.

7)- Tekalif-i milliye de mal kaçırmak.

8)- Cinayet.

9)- Düşmana yardım ve düşmanla işbirliği.

10)- Düşman ordusuna katılmak.

Mahkemelerin amacı insana kıymak değil, cephe gerisinde güvenliği sağlamak, kaçaklara aman vermemek olmuştur. Bu sebeple idam cezasına anca, adam öldüren, soygun ve asker ailesine tecavüz edenlere uygulanıyordu. Özellikle cephede savaşan asker ailesinin can, mal ve namus güvenliğine çok büyük önem veriliyordu. Firarilere teslim olmak için on-on beş gün eğer ki kişi uzaktaysa kırk gün teslim olmak için gün tanınıyordu. Ancak yukarıda belirttiğimiz suçları işlemiş olanlar af hükümlerinin dışında bırakılıyordu. En sert çalışan mahkeme Kastamonu İstiklal Mahkemesi oldu. Asker kaçakları suçlarının önünü almak için başvurduğu yöntem çok sertti. On gün içinde teslim olmayan asker kaçağını yerine sırasıyla babası, biraderleri, amcası, dayısı, amcaoğlu, eniştesi ve eniştesinin oğlu alınacaktı. Kaçak teslim olursa, yerine askere alınan yakını bırakılacaktır. Ayrıca köyünden 200 lira ceza alınacak, kaçakların evi yakılıp yıkılacaktı. Bu yöntem Meclis’te çok sert tartışmalara yol açtı ve 17 Şubat’ta İstiklal Mahkemeleri’ne son verilmesinde önemli bir etken oldu. Birinci İnönü Savaşı’nı kazanan düzenli ordunun ve Ethem kuvvetlerinin isyanda olduğu dönemde İstiklal Mahkemeleri çok büyük başarılar kazandılar. Olağanüstü yetkilerini yanlınca vatanın ve ulusun bağımsızlığı için kullandılar. On binlerce kişiyi cepheye göndererek İnönü Savaşı için büyük katkıları oldu. Diğer suçlarda da büyük azalmalar görüldü. Meclis otoritesinin moral gücünü oluşturdular. Bu başarılarından dolayı M. Kemal Paşa, Meclis başkanı olarak Birinci İnönü Savaşı sırasında İstiklal Mahkemeleri’nin sayısının 10’a çıkarılması için bir önerge verdi. İstiklal Mahkemeleri’nin bölgeleri saptanırken, düşman işgali altında olan yerler ve Kazım Karabekir Paşa’nın güvenliği sağlandığı Doğu Anadolu’da İstiklal Mahkemeleri kurulmadı. Bu bölgeleri birleştirdiğimiz de Misak-ı Milli sınırlarının oluştuğunu görürüz. 17 Şubat’ta görevlerine son verilen İstiklal Mahkemeleri’nden yalnızca Ankara İstiklal Mahkemesi’nin görevi sürdü.