26 Ağustos Cuma sabahı çadırından çıkan Alparslan, Malazgirt İle Ahlat arasındaki Malazgirt Ovasında, kendi ordugahının 7-8 kilometre uzağında, ovaya konuşlanmış durumdaki düşman birliklerini gördü. Alparslan, Malazgirt Meydan Savaşı’ndan önce bütün tedbirleri almış, gereken her türlü hazırlığı yapmıştı. Ünlü veziri Nizamül-Mülk’ü Hemendan’a gönderdi. Çıkacak herhangi bir karışıklığı önlemesi ve istenirse yeni asker yollaması için tembihte bulundu. Ayrıca Alparslan, Bizans kuvvetlerinin gücünü öğrenmek için bir öncü kuvveti Bizans ordusuna gönderdi. Bu keşif sırasında bir Bizans komutanı ele geçirildi. Komutandan edinilen bilgilere göre Alparslan gereken önlemleri aldı. 200.000 kişilik orduya 50.000 kişilik bir kuvvetle nasıl karşı koyulacağının planları yapıldı. Savaşı önlemek için imparatora elçiler gönderen Sultan barış önerisinde bulundu. İmparator, Sultanın önerisini ordusunun büyüklüğü karşısında bir korkaklık olarak yorumladı ve barışı reddetti, gelen elçileri de kovdu.
25 Ağustos 1071 günü askerlerinin moralini arttırmak için devamlı tekbir getirmelerini, düşmanların morallerini bozmak için de sürekli boru ve davul çalmalarını, oklar atmalarını emretti. Düşman ordusunun büyüklüğünü kendi ordusunun 3-4 katı büyüklüğünde olduğunu göre Alparslan, savaştan sağ çıkma ihtimalinin düşük olduğunu sezdi. Askerlerini de hasımlarının sayı fazlalığı karşısında tedirginliğe düştüğünü fark eden Alparslan, eski bir Türk töresine binaen kefene benzeyen beyaz kıyafetler giydi. Atının da kuyruğunu kendi eliyle bağladı. Atının kuyruğunu kendisinin bağlaması demek ordusunun başında kendisinin de muharebede en ön saflarda savaşacağının belirtisidir. Yanındakilere şehit olduğu takdirde vurulduğu yere gömülmesini vasiyet etti. Komutanlarının savaş alanından kaçmayacağını anlayan askerlerin maneviyatı arttı. Askerlerinin Cuma namazına İmamlık eden Sultan Alparslan, atına binip ordusunun önüne çıkıp moral yükseltici ve ordunun maneviyatını coşturan kısa ve etkili bir konuşma yaptı. Türk tarihine geçen Selçuklu hükümdarı Alparslan’ın ordusuna seslenişi söyledi:
“Askerlerim! Yiğitlerim! Bugün burada ne emreden bir sultan, ne de emir alan bir asker vardır. Bugün ben sizlerden biriyim ve sizlerle birlikte savaşacağım. Bugün burada Allah’tan başka bir sultan yoktur. Biz ne kadar az olursak olalım, düşman ne kadar çok olursa olsun, bütün Müslümanların, zaferimiz için dua ettikleri şu anda, kendimi düşman üzerine atacağım. Ya zafer kazanırız, ya şehit olarak cennete gideriz. İsteyen benimle gelsin, isteyen geri dönsün. Ben memleket için, İslam için ölüme koşuyorum. Beni takip edenler ve kendilerini Yüce Allah’a adayanlardan şehit olanlar Cennet’e, sağ kalanlar ise ganimete kavuşacaklardır. Ayrılanları ahirette ateş, dünyada da alçaklık beklemektedir. Daha sonra atından inerek secdeye kapandı ve şöyle dua etti:
“Ya Rabb! Seni kendime vekil yapıyorum. Azametin karşısında yüzümü yere sürüyor ve senin uğrunda savaşıyorum. Ey Allah’ım! Niyetim halistir, bana yardım et. Sözlerimde hilaf varsa beni kahret.”
Alparslan duasını ettikten sonra atına bindi ve tamamı Müslüman olan ve büyük çoğunluğu Türklerden oluşan Selçuklu Ordusu’nun başına geçerek savaş pozisyonu aldı. Bu sırada Bizans ordusunda dinsel ayinler yapılmakta ve Papazlar askerleri kutsamaktaydı. Romen Diyojen’de savaşı kazanması durumunda ününü ve saygınlığın artacağından emindi. Bizans’ın eski ihtişamlı günlerine döneceğini hayal ediyordu. En ihtişamlı zırhını giydi ve inci beyazı atına bindi. Ordusuna zafer durumunda büyük vaatlerde bulundu. Tanrı tarafından şeref, şan, onur ve kutsal savaş sevapları verileceğini duyurdu. Alparslan savaşı kaybetmesi durumunda her şeyini ve atalarından miras kalan Selçuklu Devletini de kaybedeceğini çok iyi biliyordu. Her iki komutanda kaybetmeleri durumunda öleceklerinden emindi. Romen Diyojen, ordusunu geleneksel Bizans askeri kurallarına göre düzenlemişti. Ortada birkaç sıra derinlikte çoğu zırhlı, piyade birlikleri ve bunların sağ ve sol kollarında süvari birlikleri yerleştirilmişti. Romen Diyojen merkeze; General Bryennios sol kanata ve Kapadokyalı General Alattes ise sağ kanata komuta ediyordu. Bizans ordusunun gerisinde büyük bir ordu gücü bulunuyordu ve bu birlikler, taşra eyaletlerinde nüfuzlu kişilerin özel ordu mensuplarından oluşuyordu. Geride ki birliklerin komutanı olarak genç Andronikos Doukas seçilmişti. Roman Diyojen’in bu tercihi biraz şaşırtıcı idi; çünkü bu genç komutan eski imparatorun yeğeni ve Caesar Yannis Dulas’ın oğlu olup, bu kişiler açıkça Romen Diyojen’in imparator olmasının aleyhinde olan kişilerdi.
Savaş öğle saatlerinde Türk atlılarının toplu ok saldırısına geçmesiyle başladı. Türk ordusunun çok büyük bir çoğunluğu atlı birliklerden oluştuğundan ve nerdeyse hepside de ok olduğundan bu saldırı Bizanslılarda önemli miktarda asker kaybına neden olmuştu. Ama yinede de Bizans Ordusu, saflarını bozmaksızın kordu. Bunun üzerine ordusuna yanıltıcı geri çekilme buyruğu veren Alparslan, gerilerde gizlediği küçük birliklerinin tarafına doğru çekilmeye başladı. Bu gizlediği birlikler az miktarda organize olmuş askerlerden oluşuyordu. Türk ordusunun arka saflarında bir Hilal biçiminde yayılmışlardı. Türklerin hızlıca çekildiğini gören Romen Diyojen, Türklerin saldırı gücünü yitirdiğini ve sayıca fazla olan Bizans ordusundan korktukları için kaçtıklarını düşündü. En baştan beri Türkleri yeneceğine inanmış olan İmparator, bu bozkır taktiğine kanıp kaçan Türkleri yakalamak için ordusuna “saldır” buyruğu verdi. Çok az zırları olduğu için hızlıca geri çekilebilen Türkler, zırh yığınına dönüşmüş Bizans süvarileri tarafından yakalanamayacak kadar hızlıydı. Ancak buna rağmen Bizans ordusu Türkleri kovalamaya başladı. Yan geçitlerde pusu kurmuş Türk okçuları tarafından ustaca vurulan ama buna aldırmayan Bizans ordusu saldırıya devam etti. Türkleri iyice kovalayıp yakalayamayan, üstüne bir de çok yorulan (üstlerindeki ağır zırhların etkisiyle) Bizans ordusunun hızı durma noktasına geldi. Türkleri büyük bir hırsla kovalayan ve ordusunun yorulduğunu anlayamayan Romen Diyojen, yinede takibe devam etti. Ancak bulundukları mevziden çok ileri gittiklerini ve çevreden saldıran Türk okçularını görüp kuşatıldığını çok geç zamanda anlayan Romen Diyojen geri çekilme emrini vermedi. Tamda kararsız kalan Diyojen geri çekilen Türk süvarilerinin yönlerini tam Bizans ordusu üzerine çevirerek saldırıya geçmeleri ve geri çekilme yollarının da Türkler tarafından kapatıldığını gören Diyojen, paniğe kapılarak “geri çekil” emri verdi. Ancak ordusu çevrelerindeki Türk hatlarını yarıncaya kadar yetişen Tük ordusunun ana kuvvetleri Bizans ordusunda tam bir panik başlattı. Kaçmaya kalkan generalleri görüp daha da paniğe kapılan Bizans askerleri en büyük savunma güçleri olan zırlarını da atıp kaçmaya çalıştı. Bu sefer de ustaca kılıç kullanan Türk kuvvetleriyle eşit duruma düşüp büyük çoğunluğu bu çatışmada yok oldu.
Türk soyundan gelen Uzlar, Peçenekler ve Kıpçaklar; Afşin Bey, Artuk Bey, Kutalmışoğlu Süleyman Şah gibi Selçuklu komutanları tarafından verilen Türkçe emirlerden etkilenen bu süvari birlikleri de soydaşlarının yanına katılınca Bizans ordusu süvari gücünün önemli bir kısmını burada kaybetti. Sivas’ta soydaşlarına yaptıklarının acısını çıkartmak isteyen ermeni askerleri her şeyleri bırakıp savaş alanından kaçınca; Bizans ordusu için ölüm sel gibi yağmaya başladı. Ordusunun dağıldığını ve komuta etme olanağının kalmadığını gören Romen Diyojen, yakın birlikleriyle kaçmaya kalktıysa da atık bunun imkansız olduğunu gördü. Sonuçta tam bir bozgun havasına giren Bizans ordusunun büyük bir bölümü akşam hava karıncaya kadar yok edildi.
Kaçamayıp sağ kalanlar teslim oldular ve sonuna kadar mertçe savaşan imparator omzundan yaralı olarak ele geçirildi. Alparslan, İmparatorun huzuruna getirilmesini emretti, getirilince de elindeki kamçıyla imparatora üç defa vurdu ve : “Sana barış için elçi gönderdiğim halde reddetmedin mi?” dedi.
Bunun üzerine İmparator “Azarlamayı bırak da, ne yapacaksan yap!” diye cevap verdi.
Alparslan İmparatora: “Sen beni esir almış olsaydın ne yapardın?” diye sordu.
İmparator: “Kötülük yapardım.” Diye karşılık verdi.
Alparslan bu defa: “Peki benim sana ne yapacağımı zannediyorsun?” diye sorunca
İmparator: “Beni ya öldürürsün, ya da İslam ülkelerinde teşhir edersin, yahut da uzak bir ihtimal olmakla beraber, affeder, fideye ve vergi alır, beni kendine vekil tayin edersin.” Cevabını verdi.
Bunun üzerine Alparslan: “Ben de zaten bundan başka bir şey düşünmedim.” diye cevap verdi.
Tüm dünya tarihi için büyük bir dönüm noktası olan bu savaş; zafer kazanan Komutan Alparslan’ın yenik İmparator IV. Romen Diyojen’le antlaşma yapmasıyla son buldu. İmparatoru bağışlayan ve ona iyi davranan Sultan antlaşamaya göre İmparatoru serbest bırakır. Antlaşamaya göre imparator kendi fidyesi için 1.500.000 dinar, vergi olarak ise her yıl 360.000 dinar ödeyecek, ayrıca Antakya, Urfa, Ahlat ve Malazgirt’i de Selçukluya bırakacaktı. Tokat’a kadar kendisine verilen Türk birliği eşliğinde Konstantinopolis’e doğru yola çıkan İmparator Diogenes, Tokat’ta toplayabildiği 200.000 kadar dinarı kendisiyle birlikte gelen Tük birliğine verip Sultan’a gönderdi. Tahta kendi yerine VII. Mikhail Dukas’ın çıktığını öğrendi.Romen Diyojen ise geri dönmekte iken Anadolu’ya dağılmış ordunun kalanlarından derme çatma bir ordu düzenlemiş ve kendisini tahttan indirenlerin ordularına karşı iki çatışma yapmıştır. Her iki muharebede yenilerek Kilikya’da bir küçük kaleye çekilmişti. Oradan teslim alınmış, keşiş yapılarak gözlerine mil çekilmiş ve Anadolu’ya katır üzerinde getirilmiştir. Kınaliada (Proti) Manastırına kapatılan Romen Diyojen, birkaç gün içinde yaralarından dolayı hayatını kaybetti.
Selçuklu Hükümdarı Alparslan ise; 1071 yılında Maveraünnehir’e sefere çıktığı sırada huzuruna hain bir kale komutanı getirdiler. Alparslan dört kazık çakılarak komutanın el ve ayaklarının bunlara bağlanmasını emretti, bunun üzerine hain komutan “Ey korkak! Benim gibi bir adam böyle öldürülür mü? Diye cevap verdi. Bu sözlere çok sinirlenen Alparslan eline ok ve yay alarak muhafızlara komutanın serbest bırakılmasını emretti. Ancak o güne kadar hedefini hiç şaşmayan Alparslan attığı ok komutana isabet etmedi. Komutan hemen Alparslan’ın üzerine saldırdı ve yanında bulunan bıçağını Alparslan’a saplayarak hükümdarı yaraladı. Ve olaydan dört gün sonra hayatını kaybeden Sultan Alparslan Merv’de bulunan babasının yanına gömüldü. Alparslan, adaleti ve dinine bağlılığı ile bilinirdi. Müslüman olmayan bir ülkeyi fethettiğinde derhal o ülkeye bir cami yaptırırdı. Her ramazan ayında 15.000 dinar sadakat dağıtan Sultan, ayrıca sarayında bulunan İmarette de her gün kırk koyun kesilirdi. Fakirlerin listesini yapan Sultan, sosyal ve ilmi konuları veziri olan Nizamül-Mülk’e yaptırırdı.
