1943 yılında Oppenheimer, aralarında Edward Teller, Enrico Fermi, David Bohm, James Frank, Emilio Serge, Felix Bloch, Rudolf Peierls, James Chadwick, Otto Frisch, Eugene Wigner, Leo Szilard ve Klaus Fuchs gibi isimlerin de bulunduğu Manhattan Projesi’ne yönetici olarak atandı. Projenin sonucu Oppenheimer’e şöhret kapılarını sonuna kadar açıyordu. Ancak bu şöhret her bilim adamının isteyeceği türden değildi; çünkü Manhattan Projesinin ürünü, maalesef bilimin dünya üzerinde ulaştığı en kötü yüzü olan, Hiroşima ve Nagazaki’ye atılan “Atom Bombası”nın keşfiydi.

1945 Ağustos’unda Oppenheimer en büyük üzüntüsünün bombayı Nazi Almanyası zamanında keşfedemediğini belirtmişse de, yakın bir zaman sonra Amerikan Felsefe Topluluğu’nun bir toplantısın “Bir şey yaptık.. Dünyanın doğasını çok seri ve etkili bir şekilde değiştirebilen en tehlikeli silah… Yaşadığımız dünyadaki bütün standartlara göre şeytani olarak değerlendirilebilecek bir şey… Bunun üzerine bilimin insanlar için iyi olup olmadığı sorusu sürekli aklımı kurcalıyor…” demiştir.

Oppenheimer, daha sonraları Atomik Enerji Komisyonu’nun Tavsiye Komitesi başkanlığına atanır. Artık tamamen nükleer patlamaların neden olduğu radyoaktivitenin tehlikeleri üzerine yoğunlaşır ve 1949 yılında tartışmalı bir şekilde hidrojen bombasının geliştirilmesine karşı çıkar. Oppenheimer bu silahın kullanımın bir soykırım olacağını ve yüz milyonlarca insanın katledilmesi için hiçbir akla uygun nedenin bulunmayacağını belirtir.

Hidrojen bombasına karşı çıkmasından sonra Oppenheimer, bu silahın komünizmin yayılmasına karşı çok önemli olacağını düşünen ve hidrojen bombasının keşfedicisi olan Edward Teller ile karşı karşıya gelir. Enrico Fermi ve diğer bazı önemli fizikçilerle birlikte hidrojen bombasının geliştirilmesine karşı politikacılara lobi faaliyetleri yürütürler. Ancak 1930 ve 1940 yılları arasında komünistler ile yakın ilişkiler olmasından dolayı, 1953 yılında Makkartisizm (Kanıt olmadan vatandaşı komünist ya da hain olarak suçlayan uygulama) kurbanı olur ve her ne kadar suçsuz bulunmuş olsa da askeri sırların kendisinden yakalanmasına karar verilir. Böylece Atomik Enerji Komisyonu’ndan uzaklaştırılır. Bu karar büyük karşı çıkışlara neden olmuş ve Manhattan Projesinde görev yapan 493 bilim adamı protestoya imza atmışsa da Edward Teller’in hidrojen bombası denemelerini yolu açılmış olur.

1950 yılında Colorado Üniversitesi tarafından kendisine fizik öğretmenliği teklif edilmiş ve kabul etmiştir. Daha sonraları San Francisco’da bulunan Explatorium Bilim Müzesi’ni dizayn etmiştir. 1963 yılında Lydon B. Johnson tarafından kendisine Enrico Fermi Ödülü verildiği yılda solculuk suçu affedilmiştir. 1967 yılının Şubat ayında gırtlak kanserinden hayatını kaybetmiştir.

Ünlü Amerikalı bilgin J.R. Oppenheimer’i anma amacıyla 1968’de başlatılan ödül, ilk kez: antimaddenin varlığını kuramsal olarak ispatlayan, yaşlı İngiliz bilgini P.A.M. Dirac’a verilmişti. Daha sonraki yıllarda bu ödülü alanlar arasında, Trieste’deki Uluslararası Teorik Fizik Merkezinin Müdürü (Pakistan), Fizikçi Abdus Salam, Princeton İlen Araştırma Enstitüsü Profesörlerinden Freeman I. Dyson, Massachusetts Enstitüsü ve Teknoloji öğretim üyesi Steven Weinberg gibi fiziğe önemli katkıları olmuş bilim adamları bulunmaktadır. Manevi yönden, Nobel’den sonra gelen en önemli ödüller arasında sayılan Oppenheimer Ödülü bir Türk fizikçisinin almış olması, Türk bilim adamları hem de ulusumuz için mutlu bir olaydır.

Halen ABD’de Yale Üniversitesinde Profesör olarak çalışan bilim adamımızın altmışı aşkın bilimsel makalesi bulunmaktadır. Çalışmalarının büyük bir kısmı Genel Rölativite ve Yüksek Enerji Fiziği dalarlındadır. Yüksek Enerji Fiziğindeki buluşları hem lisans, hem de lisansüstü eğitiminde okutulan ders kitaplarında yer almaktadır. Uluslararası Yüksek Enerji Fiziği Konferanslarında yıllardır Türkiye’yi temsil eden Prof. Gürsey’in tanınmış fizikçilerle ortak yapıtları vardır. Onun bu tanınmış kişiliği dolayısıyla Murray GellMann, T.D. Lee ve Eugene Wigner gibi Nobel Ödülü almış fizikçiler Orta Doğu Teknik Üniversitesi’nde ziyaret etmiş ve konferanslar vermişlerdir.

Antimaddenin keşfi, kozmik ışınlarda kısa ömürlü parçacıkların bulunuşu, 1940’dan sonra, atom ve çekirdek fiziği araştırma dalının ötesinde, atom altı parçacıkların özelliklerini içeren, bugünkü popüler ismiyle, yüksek enerji fiziğinin dogmasına yol açtı. Einstein’den sonra gelen teorik fizikçilerin, örneğin, PAM Dirac’ın, antiparçacığı, Japon fizikçisi H. Yukavva’nın TT mezonlarını kuramsal olarak keşfetmeleri ve bunların daha sonra deneysel olarak gözlenmesi, yalnız teorik araştırma yapan bir fizikçi grubunun yetişmesine neden oldu. Feza Gürsey bu ortamda yetişti ve 1950’lerde, İngiltere’de doktorasını yaptığı esnada, elemanter parçacıklar fiziğinde önemli buluşlar olmaktaydı. Yüksek enerji fiziği yapmak isteyen bir Türk fizikçisi için de teorik çalışma yapmaktan öte olanak zaten yoktu. 1950-1960 döneminde İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesinde çalıştı. Aynı dönemde Atom Enerjisi Komisyonunun bir bursunu alarak doktora sonrası araştırma yapmak üzere Amerika Birleşik Devletlerine gitti. İlgisini elementer parçacıklar fiziğine yöneltti. Princeton İleri Çalışmalar Enstitüsü ve Brookhaven Milli laboratuarındaki teorik çatışmalarıyla dikkat çekti. Prof, Gürsey’in en önemli tutkusu kendi toplumuna hizmet etmek; bilimsel araştırma geleneğinin Türkiye’de yeşermesine çalışmaktır.

Türk kuramsal fizikçi, Matematikçi ve yüksek enerji fiziği üzerine çalışmalar yaptı. Çalışmalarıyla 1968’de TÜBİTAK Bilim Ödülü, 1977’de Oppenheimer Ödülü, 1979’da Einstein Madalyası ve ilerleyen yıllarda çeşitli kurum ve kuruluşlardan ödüller ve onursal doktorlar kazandı.