1. Tur Ali Bey (1340-1362): Akkoyunlu Türkmenleri Diyarbakır bölgesine 1340 yıllarında geldiklerinde başlarında Tur Ali Bey bulunmaktadır. Tur Ali Bey, 1340-1341 ve 1343 yıllarında Trabzon Rum topraklarına saldırarak başkente kadar ilerlemişlerdir. Saldırılardan sonuç alamayan Akkoyunlular, Bayburt ve Erzincan emirleriyle birleşerek 1348 yılında bir kez daha Trabzon’a saldırmasına rağmen muvaffak olamamıştır. Tur Ali Bey İlhanlılar safında cenk ederken Suriye seferine çıkmış ve devlet katında övgüye şayan bir komutan olduğundan bahsedilmiştir. Akkoyunlu Türkmenleri Tur Ali Bey’in bu yükselişi sayesinde ünlenerek 30.000 kişilik bir grup çeriyle Suriye, Irak ve Anadolu topraklarında akınlar düzenlemişlerdir. Yaptığı akınlarla dört bir yana nam salan Türkmenlere Tur Alililer olarak adlandırılmışlardır. Tur Ali Bey döneminde Trabzon Rum İmparatorluğu üzerine etkili saldırılar yapılmıştır. Yapılan saldırıların devleti yıpratması üzerine Rum Kralı III. Aleksios devletin bekası için kız kardeşi olan Maria’yı Tur Ali Bey’in oğlu olan Kutlu Bey ile evlendirmiştir. 1352 yılında devletin Rumlarla kurduğu bu münasebet sonucunda Akkoyunlu Devleti 1360 senesine kadar Trabzon Rum hükümdarlığına saldırmamıştır.
2. Kutlu Bey (1362-1388): 1363 yılında devletin başına geçen Kutlu Bey’in babası Tur Ali bey’dir. Fakat Tur Ali bey’in devletin hükümdarlığını ne zaman bıraktığı konusunda kesin bilgi yoktur. Tahta geçer geçmez Kutlu Bey eşi ile birlikte Trabzon Rum İmparatoru olan Aleksios’u ziyarete gitmiştir (1362). Kutlu Bey döneminde Anadolu siyasi olarak büyük değişikliklere uğramıştır. Karakoyunlular (Bayram Hoca) bu dönemde Musul’dan Erzurum’a kadar büyük ve güçlü bir devlet olmamışlardır. Erzincan bu dönemde el geçirerek Pir Hüseyin’den Mutahharten’in eline geçmiştir (1378). Eretna Devleti bu değişikliği içine sindiremeyerek Erzincan üzerine saldırır. Saldırılar karşısında Mutahharten, Akkoyunlu ve Dulkadiroğulları’ndan yardım istemiştir. Kutlu Bey, yardım isteği karşısında oğlu Ahmed Bey’i göndermiş, Eretna ile yapılan savaşta Ahmed Bey büyük bir galibiyet kazanmıştır. 1381 yılına gelindiğinde Kadı Burhaneddin Sivas’ta hükümdarlığını ilan etmiştir. Kutlu Bey, oğlu Ahmed Bey’in emrine bir miktar asker vererek müttefiki olan Mutahharten ile birlikte Sivas üzerine gönderildi. Kuşatmayı Akkoyunlular kazansa bile Şehri savunan Emir Yusuf Çelebi kaybetmiş de Sivas ele geçirilemedi. Akkoyunlu Devletinin saldırgan tutumu kendisine zarar verdiği için Kadı Burhaneddin (Sivas emiri) ile arası iyice açıldı. Fakat Akkoyunlular Kadı Burhaneddin Malatya yakınlarına geldiğinde Kutlu Bey, Ahmed Bey ve oğulları kendisine biat etmişlerdir. Ahmed Bey, Kkadı Burhaneddin’e olan bağlılığını bildirmek için kardeşi Karayülük Osman Bey’i ona teslim etmiştir. Kutlu Bey 1389 yılında vefat etmiştir.
3. Ahmet Bey: Kutlu Bey hayattayken oğullarından Ahmed Bey, kardeşleri olan Hüseyin, Pir Ali ve Karayülük’e göre daha ön plana çıkmıştı. Katıldığı savaşlar ve verdiği kahramanca mücadele için babasının ardından tahta geçmiştir. Daha önce Akkoyunluların müttefiki olan Erzincan emiri Mutahharten, Kutlu Bey öldükten sonra devletin topraklarına saldırmıştır. Yapılan saldırıların ardından Ahmet Bey Erzincan üzerine sefer düzenlemiştir. Yapılan savaş sonrasında Mutahharten savaş alanında aldığı yenilgiyle yaralı olarak Erzican’a çekilmek zorunda kalmıştır. Bu yenilgi Erzincan emiri Mutahharten’i, Karakoyunlu Beyi Nasireddin Kara  Mehmed Beyle müttefik olmaya itmiştir. Mutahharten ve Karakoyunlu kuvvetleri Akkoyunlu kuvvetlerini büyük bir yenilgiye uğratmıştır. Büyük bir yenilgi alan Ahmed Bey, geri çekilerek Kadı Burhaneddin’e sığınmıştır. Ahmed Bey, başta sığındığı Kadı Burhaneddin’e biat etmesine rağmen ülkesine döndükten sonra onun aleyhine bir takım faaliyetlere başlamıştır. Kadı Burhaneddin’in Malatya üzerine yaptığı sefere kardeşi Hüseyin Bey ile birlikte katılan Ahmed Bey, sefer sırasında birkaç kez isyan teşebbüsünde bulunmuş; fakat başarılı olmamıştır. İsyan teşebbüslerinden sonuç alamayan Ahmed Bey, Amasya emiri olan Ahmed ile Tokat üzerine saldırmıştır. Bu saldırıyı duyan Kadı Burhaneddin Tokat’ta bulunan Ahmed Bey’in birliklerini üzerine yürümüştür. Bir kez daha Kadı Burhannedin karşısında yenilen Akkoyunlu hükümdarı Ahmed Bey biat etmek zorunda kalmıştır. Erzincan Emiri Mutahharten Karakoyunlu Kara Yusuf ile birlikte müttefik olarak Akkoyunluların üzerine saldırdı. Fakat Akkoyunlu kuvvetleri müttefik kuvvetlerini ağır bir yenilgiye uğratarak Kara Yusuf’u esir aldılar. Alınan yenilginin ardından Erzincan Emiri Mutahharten müttefiki olan kara Yusuf için Akkoyunluların üzerine saldırdı. Mutahharten ikinci defa Akkoyunlu kuvvetlerine karşı yenilmiştir. Tarihler 1394 yılını gösterdiğinde Kadı Burhaneddin Erzincan üzerine sefer düzenleyeceğini bildirdi. Ahmed Bey bu sefer esnasında kendisine yardım edeceğine dair teminat mektubu gönderdi. İki müttefik Erzincan üzerine saldırdı ve ardından Sivas üzerine sefere çıktı. Seferin sonundan Erzincan-Bayburt arasında ele geçirilen bölgeler Ahmed Bey’e dirlik olarak verildi. 1395 yılında Erzincan üzerine ikinci sefer düzenlendiğinde Akkoyunlu Devleti iç karışıklıklarla savaşıyordu. Karayülük Osman Bey, Ahmed Bey ile saltanat mücadelesi yaparken, Osman Bey Kemah’a saldırdıktan sonra Kadı Burhaneddin’e sığındı. Bu ayrılıkçı durumun ardından Kadı Burhaneddin Karamanoğlu’na saldırdı. Fakat bu seferde Karayülük Osman Bey yardımda bulunurken Akkoyunlu Ahmed Bey hiçbir yardımda bulunamadı. Kayseri Valisi olan Şeyh  Müeyyed üzerine yapılan bu seferde Müyyed öldürüldü. Fakat Karayülük Osman Bey, Kadı Burhaneddin’in söz vermesine rağmen Müeyyed’i öldürmesine çok kızdı ve Kadı Burhaneddin’i gafil avlayarak 1398 yılında öldürttü. Kadı Burhaneddin hayatını kaybettikten sonra Karayülük Osman Bey, Sivas üzerine saldırdı. Bu sırada Kadı Burhaneddin’in yerine oğlu Alaaddin Ali Çelebi devletin başına geçirildi. Ancak Osman Bey şehri iyice yıpratmaya başladığında Ali Çelebi hemen Osmanlı İmparatoru Yıldırım Bayezid’den yardım istedi. Osmanlı Ordusu yardıma geldiğinde Karayülük Osman Bey mağlup edildi ve artık Kadı Burhanneddin’in kurduğu devlet Osmanlı İmparatorluğuna katılmıştı. Karayülük Osman Bey, önce Mutahharten’e sığındıktan sonra Memlüklere sığındı. Fakat Memlükler Osmanlı Devleti tarafından ele geçirildikten sonra emrindeki kuvvetlerle Timur’un ordusuna katıldı. Karayülük Osman Bey, Timur 1400 yılında Anadolu’ya sefer düzenlediğinde Malatya verildi. Gösterdikleri kahramanca mücadele nedeniyle Osman Bey’in oğlu İbrahim Bey’e Diyarbakır (Amid) verildi. Timur 1402 yılında Bayezid ile Ankara Savaşına tutuştuğunda Karayülük Osman Bey, Pir Ali ve Ahmed Bey yardım ettiler. Bütün kardeşlerini hapsettiren Osman Bey, 1403 yılında Akkoyunlu Devletinin hükümdarlığına gelmiştir.
4. Karayülük Osman Bey: Saltanatın ilk yıllarında bölgeyi kendisine teslim eden Timur’a bağlı kalmış; ancak daha sonra oğlu Sahruh’a tabi olmuştur. Osmanlı ile dostane ilişkiler yürüten devlet, Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf ile sürekli mücadele içinde olmuşlardır. Karakoyunlu Devleti, Azerbaycan’ı ele geçirdikten sonra 1409 yılında Mardin’i, 1410 yılında Erzincan’ı ele geçirdiğinde Akkoyunlular çepeçevre sarılmıştı. Buna karşılık Karayülük Osman Bey, Timur’un kumandanı olan Şemseddin’in elinde bulunan Kemah Kalesini ele geçirdi. Karakoyunlu Devleti topraklarını genişletince Çağatay hükümdarı olan Sahruh ve Memlük Sultanı Osman bey’i desteklemek zorunda kaldılar. Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf, Osman Bey üzerine saldırarak 1417 yılında aldığı galibiyetle Akkoyunluların hakimiyetinde bulunan Malatya çevresini yağmalamıştır. Akkoyunlular ve Karakoyunlular arasındaki mücadele Kara Yusuf’un ölümünden sonra 1420 yılında yerine geçen İskender Mirza döneminde de artarak devam etmiştir. Bu dönemde Erzincan’ı Akkoyunlu topraklarına katan Karayülük Osman Bey devletin topraklarını kuzeyde Trabzon Rum İmparatorluğu ve güneyde Urfa’ya kadar genişletmiştir. Karayülük Osman Bey, İbrahim Mirza tarafından birçok kez yenilgiye uğratılmışsa da 1434 yılında Osman Bey, Karakoyunlu hakimiyetinde bulunan Erzurum’u ele geçirmiştir. Timur’un oğlu olan Sahruh’un Karakoyunlu üzerine sefer düzenleyeceğini öğrenen İbrahim Mirza, kuvvetleriyle birlikte Erzurum üzerine yürüyünce Karayülük Osman Bey ve Mirza’nın kuvvetleri arasında büyük bir savaş patlak verir. Savaşı kaybeden Karayülük Osman Bey ve iki oğlu esir düştü. 1435 yılında esir düşen Akkoyunlu hükümdarı Osman Bey’in kesik başı müttefiki olan Memlük Sultanı Baybars’a gönderilmiştir. Karayülük Osman Bey 32 yıl kadar hüküm sürmüş ve öldüğünde seksen yaşını bulmuştur. Osman Bey’in hükümdarlığında devlet Erzincan, Harput, Kemah, Çemişkezek, Mardin, Erzurum, Bayburt çevresinde hakimiyet sürmüştür.
5. Ali Bey: Kara Yülük Osman Bey’in ölümünden sonra oğulları arasında iktidar mücadelesi yaşanmış fakat Sahruh ve Memlük hükümdarının onayını alan Ali Bey iktidarı ele geçirmiştir. Kısa hilafet dönemi boyunca Ali Bey hem Karakoyunlularla hem de kardeşi Mardin valisi Hamza Bey ile mücadele etmiştir. Bu dönemde Ali Bey, kız kardeşini Sahruh’u oğluna vererek devletler arasındaki bağları kuvvetlendirmiştir. Karakoyunlu saldırıları artınca Ali Bey, Osmanlı hükümdarı II. Murat ve Memlük Sultanı olan Çakmak’tan yardım istemiştir. İlk başlarda Memlükler desteklerken ileriki dönemde bu destek yerini yalnızlığa bırakınca Ali Bey Suriye içlerine çekildi. Bu geri çekilmenin akabinde 1438 yılında Akkoyunlu Devletinin başına Hamza Bey geçmiştir.
6. Hamza Bey: Devletin sınırlarında bulunan Mardin’e hükmeden Hamza Bey, Karayülük Osman Bey’in oğullarından en yeteneklisidir. 1437 yılında Mardin’e saldıran Karakoyunlu Isfehan Mirzayı yenilgiye uğrattıktan sonra Mardin hakimiyetini iyice pekiştirmiştir. Fakat Hamza Bey, Ali Bey’den devleti devraldığında saltanat savaşı başlamıştı. Memlükler tarafından tanınan Hamza Bey, 1439 yılında Yakup Bey’in elinde bulunan Erzincan’ı ele geçirmiştir. Bu sırada Hamza Bey, Ali Bey’in oğlu olan Cihangir Mirza’nın elinde bulunan Urfa’yı ele geçirmek istemiştir. Saltanat hayatı süresince ailesinden taht kavgaları ile mücadele eden Hamza Bey, 1444 yılında vefat etmiştir.
7. Cihangir Mirza: Tahtta kaldığı süre içinde mücadele eden Hamza Bey’in ölümünden sonra Ali Bey’in oğlu Cihangir Mirza geçmiştir. Urfa hakimiyeti esnasında savaş tecrübesi olan Cihangir Mirza, Akkoyunlu hükümdarı olduktan sonra Karakoyunlu Cihanşah üzerine sefere çıktı. 1447 yılında başlayan Akkoyunlu-Karakoyunlu mücadelesi 1453 yılındaki barışla sona ermiştir. Fakat Akkoyunlu Devleti bu barışın ardından Karakoyunluların hakimiyetine girmiştir. Ayrıca Mirza saltanat sürerken Mahmud, Şeyh Hasan ve Kasım Beyler devleti ele geçirmek için kışkırtıcı faaliyetler sürdürmüşlerdir. Ayrılıkçı faaliyetlerle savaşan Cihangir Mirza, Karakoyunlu hakimiyetini kabul etmeyen kardeşi Uzun Hasan Bey ile mücadele etmek zorunda kalmıştır. Hatta devletin başında Cihangir Mirza bulunurken, Karakoyunlu Cihanşah Çağataylılarla mücadele ederken Uzun Hasan Erzincan üzerine saldırmıştır. Bu sırada Van Gölü çevresini yağmalayan Uzun Hasan, kardeşi Cihangir Mirza Diyarbakır’dan ayrıldıktan sonra şehre girerek tahta geçmiştir (1453).
8. Uzun Hasan: Diyarbakır’ı ele geçiren Uzun Hasan saltanatı süresince kardeşleri Cihangir ve Urfa hakimi olan Uveys ile savaşarak Urfa’yı ele geçirdi. Mardin üzerine de bir kuşatma yapmasına rağmen kalın surlarla korunan şehri ele geçiremedi. Tahtı Uzun Hasan’a kaptıran Cihangir Mirza, Urfa hakimliğini Uzun Hasan’a kaptıran Uveys ile birçok kez birleşerek devlete saldırmasına rağmen defalarca bozguna uğramıştır. En sonunda Akkoyunluların en büyük düşmanı olan Karakoyunlu hükümdarı Cihanşah’tan yardım istemişlerdir. Fakat Cihanşah ve Cihangir’in kuvvetleri Diyarbakır yakınlarında Uzun Hasan tarafından büyük bir bozguna uğramışlardır. Bu büyük savaşta Karakoyunluların kuvvetlerinin çoğu hayatını kaybederken Cihangir hizmetinde bulunan bazı birlikler Uzun Hasan Bey’in saflarına geçmiştir. Kuvvetlerinin kaybeden Cihangir Mirza oğlunu elçi olarak Uzun Hasan’a göndererek ona itaatini bildirmiştir. 1457 yılında Hısnıkeyfa’yı ele geçiren Uzun Hasan Eyyubi hükümdarlığına son vermiştir. 1458 yılında ise müttefiki olan Karamanoğlu’nun üzerine saldıran Dulkadiroğlu Arslan Bey’i geri püskürtmüştür. 1459 yılında Gürcistan sınırlarına giren Uzun Hasan, Selçuklu soyundan geldiklerine inanılan Egil beylerinin hakimiyetlerine son vermiştir. Toprakları genişleyen Akkoyunlular bu dönemde Fatih Sultan Mehmed ile mücadeleye girişmişlerdir. Karakoyunluların topraklarının çoğunu ele geçiren Uzun Hasan, Şebin Karahisar ve Koyulhisar’ı ele geçirerek Osmanlı topraklarına saldırmaya başladı. Fatih Sultan Mehmed gibi büyük bir düşmana karşı Karamanoğulları, Isfendiyaroğulları, Trabzon Rum İmparatorluğu ve Venediklilerle ittifak kurmuştur. Rum İmparatoru IV. Yuannis’in kızı Katherina ile evlenerek Trabzon’u koruyacağına dair söz vermiştir. Verdiği sözlere rağmen Uzun Hasan, Fatih Sultan Mehmed’in Trabzon Rum İmparatorluğunu 1461 yılında ele geçirmiştir. 1464 yılından sonra Dulkadiroğulları topraklarını ele geçiren Uzun Hasan, devletin topraklarını Ispir’den Urfa’ya, Şebin Karahisar’dan Siirt’e kadar genişletti. 1466 yılında Gürcistan seferini yapan Uzun Hasan, kendisine saldıran Karakoyunlu Cihanşah ve adamlarını öldürttü. Karakoyunlu devletini yıkan Uzun Hasan, Irak ve İran’ı topraklarına kattı. Şubat 1469 yılında Karakoyunlu halefi olan Hasan Ali’nin isteği üzerine Timurlulardan Ebu Said, Akkoyunluların üzerine saldırmış; fakat Uzun Hasan, Ebu Said kuvvetlerini Karabğ’da büyük bir yenilgiye uğratmıştır. Karakoyunluların halefi olan Hasan Ali’yi 1469 Nisanında Uzun Hasan’ın oğlu Uğurlu Mehmed tarafından öldürüldü. Azerbaycan ve İran ele geçirildikten sonra Akkoyunlu devletinin merkezi Tebriz’e taşındı. Uzun Hasan Bey döneminde Akkoyunlu Devleti büyük bir imparatorluk olmuştur. Venedik ile ittifak kurmaya çalışan Uzun Hasan, Osmanlı Devletinin Mısır ve Osman topraklarını ele geçirmek için ittifaklar aramaya başladı. Venedikliler elçi olarak gönderilen Hacı Mehmed ile birlikte bazı ateşli silahları Akkoyunlulara hizmet için gönderdi. 1472 tarihinde Gürcü prensleri itaate zorlayan Uzun Hasan, Suriye üzerine yaptığı seferde başarısızlığa uğradı. Fatih Sultan Mehmed, Akkoyunlu yükselişini engellemek ve ittifaka çabalarını boşa çıkarmak için Venedik’e işbirliği çağrısında bulunmasına rağmen Venedik Eğriboz’u isteyince müzakereler sekteye uğradı. 1473 yılında İstanbul’dan yola çıkan Osmanlı ordusu, Fatih’in şehzadeleri olan Mustafa ve Bayezid’in katılımıyla 100.000 kişiyi buldu. Fatih Erzincan yakınlarına geldiğinde Uzun Hasan 70.000 kişilik bir kuvvetle yola çıktı. İki ordunun öncü kuvvetler Tercan yakınlarında savaşa tutuştuklarında Akkoyunluların üstünlüğü barizdi. Hatta bu saldırılar esnasında Uzun Hasan’ın oğlu Uğurlu Mehmed Bey, Osmanlının Rumeli Beylerbeyi Has Murat Paşayı pusuya düşürerek askerleriyle birlikte kılıçtan geçirmiştir. İlk yenilginin ardından Bayburt’a doğru çekilen Osmanlı Ordusu Tercan’da (Otlukbeli) Uzun Hasan’ın merkez birlikleri ile büyük bir savaşa tutuştular. 1473 tarihinde çarpışan iki ordudan Osmanlı Devleti kullandığı ateşli silahların etkisiyle Akkoyunlu ordusunu kırmayı başardı. Akkoyunlu ordusunun büyük bir kısmı imha edilirken bazı askerler esir edildi ve Uzun Hasan kaçarak kendini kurtardı. Otlukbeli yenilgisinin ardından Gürcü prensler isyan etmeye başlayınca Gürcistan üzerine sefer düzenleyen Uzun Hasan isyanı bastırdıktan sonra dönüş yolunda hastalanarak 6 Ocak 1478 yılında Tebriz’de hayatını kaybetmiştir. Yaptığı seferlerin yanı sıra Akkoyunlu Devleti Uzun Hasan döneminde kül ve sanat yönünde de büyük ilerleme kaydetmiş, ulema ve medreselileri koruma altına almıştır. Hatta Uzun Hasan döneminde Osmanlı Devleti örnek alınarak hazırlattığı ve Doğu Anadolu’da uygulanan kanunlara “Hasan Padişah Kanunları” adı verilmiştir.
9. Halil Bey: Uzun Hasan’ın ölümünden sonra yerine oğlu Halil Bey geçmiştir. Validesi Selçuk-şah Begüm’ün çabalarıyla başa geçen Halil Bey, saltanat gayesi olmayan kardeşi Maksud Bey’i öldürtünce halkın tepkisini çekmiştir. Bu hareketin ardından kardeşler ve ahali Halil Bey aleyhine çalışmalar başlattı. Amcası Cihangir Mirza’nın çocukları olan Murad ve İbrahim ile savaşan Halil Bey, Diyarbakır valisi olan kardeşi Yakup Bey’e yenilerek hayatını kaybetmiştir.
10. Yakub Bey: Halil Bey’i öldürdükten sonra yerine geçen Yakub Bey, saltanatın ilk yıllarında Ahmed Bey’in oğlu Elvend Bey ile mücadele etmiştir. 1480 yılında ise ülkedeki isyanlardan faydalanmak isteyen Memlükler (Kayıtbay) Emir Yasbey komutasında birliklerle Diyarbakır’a saldırmıştır. Bayındır Bey, Sufi Halil Bey ve Biçenoğlu Süleyman Şah komutasındaki Akkoyunlu orduları şehri ele geçirmek üzere olan Memlük ordularını büyük bir bozguna uğrattı. Bu başarısının ardından Yakub Bey’i tahtından indirmek isteyen Bayındır Bey, isyan etmiş; fakat yakalanarak öldürülmüştür. Yakub Bey, 1482 tarihinde Gürcistan üzerine sefere çıktıktan sonra daha çok ülkenin teşkilat ve kültür hayatıyla uğraşmıştır. Türkçe ve Farsça şiirler yazan Sultan Yakub, ilim adamları ve sanatkarları korumuştur. Akkoyunlu saltanatının ikinci büyük adamı olan Yakub Bey’in hayatı, 1490 yılındaki bir veba salgınıyla hüsrana uğradı. Önce Sultanın annesi Selçuk-şah Begüm sonra varislerden Yusuf Mirza ve sonunda Sultan Yakub hayatını kaybetti. 12 yıllık saltanatın ardından genç yaşta hayatını kaybeden Yakub Bey, Akkoyunlu devletinin en parlak dönemini yaşatmasına rağmen çocukları küçük yaşta olduğu için devlet bir duraklama dönemine girmiştir.
11. Baysungur Bey: Yakub Bey hayatını kaybettiğinde oğulları çok küçük olmasına rağmen oğullardan Baysungur devletin ileri gelenleri tarafından devletin başına geçirildi. Fakat devletin başka bölgelerinde başka veliahtlar hükümdar gösteriliyordu. Devletteki bu çok başlı yönetim Baysungur taraftarları tarafından bastırıldı. Bu dönemde Sultanın atabeyi olan Sufi Halil bütün veliahtlar arasında rakiplerini öldürerek sivrildi ve devletin tahtına göz dikti. Fakat Diyarbakır valisi olan Süleyman Biçen, Baysungur Bey’e tabi olduğu için ilk çarpışmada Sufi Halil’i yakalatarak öldürdü ve Sultanın bir numaralı adamı (Atabey) oldu. Fakat devletin ileri gelenlerinin çoğu hükümdarlık tahtına geçmişte devletin büyük yöneticilerinden biri olan Uzun Hasan’ın torunu olan Rüstem Bey’i sundular. Atabey Süleyman Bey, Rüstem’in üzerine saldırmışsa da başarısız olarak Diyarbakır’a çekilmek zorunda kalmıştır. Rüstem Bey’den kaçan Sultan Baysungur 1492 yılında dedesi olan Sirvan Şah’ı Yesar’a sığındı. Diyarbakır’a sığınan Süleyman Biçen ise yakalanarak öldürüldü.
12. Rüstem Bey: Baysungur’un Sirvan şahına sığınmasının ardında Rüstem Bey devletin başına geçti. 5 yıllık saltanatı boyunca iç karışıklıklarla boğuştu. Devletin önündeki en büyük engel Baysungur’du. Fakat kardeşi Hasan Bey ile birlikte isyan eden Baysungur Bey yakalanarak öldürüldü. Daha sonra Isfehan valisi Gilan isyan girişiminde bulunduysa da başarı olamadı. İç isyanları bastıran Rüstem Bey dış düşmanlarla savaşmaya başladı. Safeviler Ali Haydar komutasında toplanarak yıkılan Karakoyunluların artçı birliklerinin de desteği almışlardır. İsyan ve saldırılar düzenleyen Ali Haydar, Akkoyunlu ordusu tarafından büyük bir yenilgiye uğratılarak 1493 yılında öldürülmüştür. Rüstem Bey hükümdarlığı boyunca saltanat kavgalarıyla uğraştı. Fakat son rakibi devletin tahtında büyük hak sahibiydi. Uğurlu Mehmed’in oğlu ve Fatih Sultan Mehmed’in kızından torunu olan Ahmed Bey, dayısı olan П. Bayezid’in yardımıyla Akkoyunlu tahtına saldırmıştır. Fakat Ahmed Bey, Rüstem Bey komutasındaki askerlerin ihaneti nedeniyle kısa sürede tahtı ele geçirerek 1496 tarihinde Rüstem Bey’i öldürtmüştür.
13. Ahmed Bey: Ahmed Bey tahta çıktıktan sonra tüm desteklere rağmen iç karışıklıklarla uğraşmak zorunda kalmıştı. Kısa boylu ve bacakları kısa olduğu için “Göde” lakabıyla anılırdı. Fakat Ahmed Bey, isyancıları öldürerek dikkatleri üzerine çekmiştir. Fakat Isfehan’daki bir isyana müdahale ederken hayatını kaybetmiştir. Bir yıl kadar saltanat süren Ahmed Bey’in ölümü Akkoyunlu Devletini parçalanma sürecine soktu. Ahmed Bey’in ölümünden sonra emirler ayrı ayrı bağımsızlıklarını ilan ettiler. Bu karışıklık içinde birçok veliaht öldürüldükten sonra Yezid’de tahta geçirilen Mehmed Mirza tahta çıkarılmasına rağmen öldürülmüştür.

Ahmed Bey’in ölümünün ardından ülke büyük bir karışıklığa sürüklenmiştir. Devletin başına daha önce hükümdarlık yapan Yakub Bey’in oğulları Murad ve Elvend Bey arasında bölüştürülmüştür. Akkoyunlu Devleti böylesine parçalanmışken Azerbaycan’da Safeviler giderek güçlendiler. Safevilerin başın geçen İsmail, Akkoyunluların karışıklıklarından faydalanarak Erzincan’da iç karışıklıklar çıkarmaya çalışıyordu. П. Bayezid, Modon ve Koron ile uğraştığı için Osmanlıdan, Karakoyunlu ve Dulkadiroğlu’ndan bir kızım müritlerin İsmail’in saflarına geçmiş ve Safeviler giderek güçlenmişlerdir. Safeviler (Şah İsmail) İsmail komutasında toplanarak Sirvan Şahı Yesar’ın üzerine saldırmış ve Şah’ı öldürmüştür (1501). Bu saldırının ardından Safevi kuvvetleri Akkoyunlulara saldırmaya başlamışlardır. Çıkan savaşta Akkoyunlu kuvvetleri güçlü olmasına rağmen Elvend Mirza Bey büyük bir yenilgi almıştır. Bu galibiyetin ardından Azerbaycan Safevilerin eline geçmiş ve Tebriz merkezli Safevi Devleti resmen kurulmuştur (1501). Akkoyunlu hükümdarı olan Elvend Mirza Bey bu yenilginin ardından Erzincan yakınlarında toparlanmaya çalıştı. Fakat Akkoyunlu tehlikesinin devamı Şah İsmail’in dikkatini çekti. Çünkü Şah İsmail, dört bir yandan kendisini desteklemek için gelen birliklerin yollarının kapatılmasını istemiyordu. Elvend Mirza Akkoyunlu Devletini ayağa kaldırmaya çalıştıysa da Şah İsmail’in kuvvetlerine direnemedi ve sadece Diyarbakır’ın hükümdarlığını yaparak 1504 yılında hayatını kaybetti. 1503 yılında ise Şah İsmail Akkoyunlu Sultan Murad Bey’i yenilgiye uğratarak bütün Akkoyunlu topraklarını ele geçirdi. Sultan Murad Han, daha sonra Yavuz Sultan Selim emrinde Çaldıran Savaşına katılmış ve ardından Diyarbakır üzerine sefer düzenlemiştir. Yapılan savaşta Sultan Murad’ın başı kesilerek 1514 (Akkoyunluların yıkılışı) tarihinde Şah İsmail’e gönderilmiştir. Bütün Akkoyunlu topraklarını ele geçiren Şah İsmail, sadece devlet kurmakla kalmamış Akkoyunlu devletine bağlı olan bütün boy veya birlikleri de kılıçtan geçirmişlerdir. Akkoyunlu boylarının bazıları Memlüklere, Osmanlıya ve Dulkadiroğullarına sığınmış ve canlarını kurtarmışlardır. ⁽¹⁾

1)- http://www.enfal.de/starih49.htm

2)- http://www.kulturportali.gov.tr/portal/akkoyunlu-devleti

3)- http://turktarihi.blogcu.com/akkoyunlu-devleti/13052552