Soğuk Savaş döneminde örgüt askeri operasyonlara hiç kalkışmadı. Fakat Sovyetler dağıldıktan sonra Soğuk Savaş sona erince ilk operasyon 1990-1991 döneminde Irak’ın Kuveyt’e uyguladığı işgal ile birlikte düzenlendi. Türkiye üzerinden uçaklar bölgeye uçarken, kısa bir süre sonra bölgeye birlikler sevkedildi.
1. Bosna-Hersek Müdahalesi: Tarih 1992, Yugoslavya’nın dağılmasının ardından Bosna Savaşı patlak verdi. Bölgede durum kötüleşince Bosna-Hersek, hava sahasını BM Güvenlik Konseyi kararı ile 816 sayılı 1992 yılında uçuş yasağı kararı aldı. Bu uçuş yasağı 12 Ağustos 1993 yılında uygulanmaya başlandı. Yugoslavya üzerinde bir dizi ekonomik ve askeri ambargo kararı Haziran 1993-Ekim 1996 tarihine kadar Sharp Guard Harekatı ile deniz aracılığıyla uygulandı. Bu uçuş yasaklarının delinmesinin doğuracağı sonuçlar ise çok yakında tecrübe edilecektir. Uçuş yasağı olan bölgede dört Bosna Sırp uçağı 28 Şubat 1994 yılında NATO tarafından düşürüldü. Bu örgütün savaş halindeyken uyguladığı ilk eylemdi.
1994 yılında Bosna Savaşı sırasında BM Koruma Gücü, Gorajde güvenli bölgesindeki hava saldırısı için NATO tarafından iki ABD F-16 jeti Gorajde bölgesinde bulunan Bosnalı Sırp askeri karakolunu bombaladı. Bu saldırının hemen ardından misilleme olarak 14 Nisan tarihinde 150 BM personeli rehin alındı. 16 Nisan tarihinde ise Britanya Sea Harrier, Gorajde semalarındayken Sırplar tarafından vurularak düşürüldü. Srebrenitsa katliamı sırasında ise Sırplara karşı NATO tarafından bir müdahale başlatıldı. Daha sonra Sırplara karşı iki hafta süren NATO bombardımanı (Kararlı Güç Harekatı) operasyonu başlatıldı.
Hava saldırıları sürerken 14 Aralık 1995 yılında Dayton Antlaşması’nın imzalanmasının ardından Yugoslav Savaşı sona erdi. NATO, antlaşma çerçevesinde BM IFOR barış güçlerini bölgeye yönlendirdi. Bu barış askerlerine 60.000 NATO askeri ve örgüte dahil olmayan ülkelerden askerler katıldı. Bir süre geçtikten sonra bu kuvvetler yarıya düşürülerek 32.000 askerden oluşan küçük SFOR birliklerine dönüştürüldü. Bölge, Aralık 1996 tarihinden beridir sürdürdüğü bu güvenlik görevini Aralık 2004 tarihinde Europan Union Force Althea oluşumuna devretti. NATO’nun sürdürmeye çalıştığı bu barış görevinin ardından örgüt düzenlenen operasyonlar için NATO Madalyası adlı bir hizmet madalyası dağıtmaya başladı.
2. NATO’nun Kosova Müdahalesi: Örgüt, Kosova’da bulunan Arnavut sivillerin Slobodan Milosevic tarafından yürütülen Sırp saldırıların korunmaları için BM Güvenlik Konseyi 23 Eylül 1998’de bir barış talep etmesine rağmen, BM Özel Temsilcisi olan Richard Holbrooke, müzakereler sürdürme çabasında olsa da 23 Mart 1999 yılında müzakere süreci çıkmaza girdi. Artık konunun barış ortamı içinde sürdürülemeyeceği düşüncesi Holbrooke tarafından belirtildi ve konu NATO’ya devredildi. Bu karardan sonra 24 Mart 1999 tarihinde 78 gün sürecek olan bir bombardıman başlatıldı. Fakat karadan müttefikler tarafından yapılan askeri saldırı doğrudan Yugoslav güçlerinin üzerine yapıldı. NATO, bu kriz ortamında toparlayıcı bir güç olarak Arnavutlukta konuşlandırdığı Avrupa Müttefik Komutanlığı Mobil Kuvveti’ni ve Albania Force (AFOR) ismiyle bilinen birliği vasıtasıyla Kosova’dan kaçan mültecilere yardım etmeye çalıştı.
Bölgesel nitelikli bir kimliğe bürünse de bombardıman esnasında Belgrad’da bulunan Çin Hal Cumhuriyeti Büyükelçiliği saldırılardan çok zarar görmüş ve sivil kaybı yaşanmıştır. Fakat yapılan tüm müdahaleler ve bombardımanlarda artık gücü tükenen Yugoslav lider Slobodan Milosevic 1999 yılının 3 Haziranında örgütün barış şartlarını kabul edince Kosova Savaşı sona ermiştir. Barış düşüncesinden sonra Milosevic, BM Güvenlik Konseyi’nin 1244 sayılı kararına biat etmiş ve akabinde NATO düşüncesi ile KFOR BM Barış Gücü kurulmuştur. Bu bölgede Kosova’nın korunmasının yanında Barış Gücü bölgenin insani yardıma kavuşması içinde elinden geleni yapacaktı. Ayrıca ilgili ittifak 2001 yılında Makedonya’da bulunan Arnavut milislerin silahsızlandırılması içinde Zorunlu Hasat Harekatı başlattı. 2013 yılının Aralık başlarında bölgede 31 ülkeden 4.882 KFOR askeri görev yapmaktadır.
Fakat operasyonların BM Güvenlik Konseyi tarafından onaylanması fikri, ABD, İngiltere ve birçok NATO üyesi ülkesi tarafından tepkiyle karşılanıyordu. Fakat bu cephenin fikrine karşı Fransa ve yandaşları BM tarafından verilen operasyon onayından memnundular. Çünkü NATO’nun kendi iç dinamiklerinde alacağı bir operasyon serbestisi demek, ABD’nin kendi çıkarları doğrultusunda örgütün operasyonel gücünün kullanmak anlamına geliyordu. Fakat ABD-İngiltere cephesi olaya daha temkinli yaklaşıyordu. Çünkü NATO’nun Yugoslavya müdahalesi BM içinde alınan bir kararla Çin-Rusya tarafından veto edilebilirdi. Aslında bu veto hakkı örgütün hem bağımsızlığına gölge düşürecek hem de olası diğer operasyonlar örgüte karşı olan odaklar tarafından engellenebilecekti. Soğuk savaş sonrasında NATO, 1999 Nisanında kendi iç dinamiklerinde bağımsız bir yapı için Washington Zirvesinde çatışmaların önlenmesi için İttifak Stratejik Konsept’i kabul etti.
3. NATO’nun Afganistan Müdahalesi: Afganistan odaklı olan El-Kaide, ABD’de gerçekleşen 11 Eylül saldırılarının azmettiricisi konumundaydı. Bu durum ilk defa Kuzey Atlantik Antlaşması kapsamında bulunan 5. maddenin uygulanmasını sağladı. Çünkü ilgili madde, örgüte üye herhangi bir devlete yapılan saldırının tüm üyelere yapıldığı şeklindeydi. Fakat istisna ise Yengeç Dönencesi’nin kuzeyinde bulunan topraklar için geçerli olmasıdır. ABD’ye yapılan saldırıdan yaklaşık bir ay sonra yani 4 Ekim 2001 yılında NATO, aldığı bir kararla 5. maddeyi uygulama kararı aldı. Yapılması planlanan bu askeri müdahaleye ek olarak NATO’nun yürüttüğü sekiz operasyon arasında Eagle Asit Harekatı ve özellikle terörle mücadele kapsamında militanların veya kitli imha silahlarının taşınmasını engelleme çabası olan Etkin Çaba Harekatı’da bulunmaktadır.
NATO, askeri karakterini güçlendirmek için 16 Nisan 2003 yılında 42 ülkenin güçlerinden oluşan Uluslararası Yardım Kuvveti’ni (ISAF) kendi hakimiyetine dahil etti. Bu karar o dönemde bu birlikte en çok askeri olan Almanya ve Hollanda tarafından yapılan bir rica ile 19 NATO elçisinin onayı doğrultusunda hayat buldu. Bu kontrolün NATO’ya verilmesi ile birlikte örgüt tarihinde ilk olarak Kuzey Atlantik Bölgesi dışında bir bölgeye operasyon düzenle görevini üstlendi. ISAF, ilk olarak Kabil ve çevresinde eylemlerine devam eden Taliban, El-Kaide ve benzeri cihat örgütlerini bölgeden uzak tutmaya çalışmış, böylelikle yeni kurulacak olan ve Hamid Karzai’nin önderliğinde kurulan Afganistan Geçiş Yönetimi zaman kazanmış olacaktır. Ekim 2003 tarihinde BM Güvenlik Konseyi tarafından alınan bir kararla Afganistan görevini sürdüren ISAF’ın bu operasyonlarını ülke geneline yayma onayı verildi. Böylece ISAF, Afganistan genelinde sürdürdüğü operasyonları dört aşamada sürdürdü.
Fakat ISAF, Afganistan’da devraldığı önleme ve engelleme çalışmalarını 31 Temmuz 2006 tarihinde ABD güdümünde olan terör karşıtı operasyonları yönetmeye başladı. Fakat özellikle bölgenin güneyinde çatışmalar çok şiddetlenmişti. Bu durumun düzelmesi için Fransa Mirage 2000 savaş uçaklarının Kandehar’a gönderilmesine sesini çıkarmadı. NATO, Afganistan da süren savaşın tarafı olmaktan yavaş yavaş sıkılmıştı. Bu savaşsızlık çabası 2012 yılında Chikago (Chicago) Zirvesi’nde NATO komutasında bulunan ISAF güçlerinin Afganistan savaşını sonlandırarak 2014 yılının Aralık ayının sonuna kadar ülkeyi boşaltma kararı verildi. ABD ve Birleşik Krallık güçleri belirtilen tarihte ülkeyi boşaltarak görevi Afgan Ulusal Ordusu’na bıraktılar.
4. NATO’nun Irak Eğitim Misyonu: NATO, 2004 yılında başlatılan Irak Savaşı’nda ABD’yi desteklemek için MNF-I ile eşzamanlı olarak ülkede eğitim görevi başlattı. Eğitim görevi, BM Güvenlik Konseyi’nin 1546 sayılı kararı ile Irak Geçici Hükümeti tarafından yönlendirilen bir istekle oluşturulmuştur. NATO Eğitim Görevi (NTM-I), Irak’ın düzenli ve işler hükümet sistemi kurması için gerekli olan hem eğitim hem de genel kurumların genel standartları kazanana kadar desteklenmesidir. NATO’nun bu görevi askeri bir nitelik taşımıyordu. Bu görev Kuzey Atlantik Antlaşması dahilinde örgütün yürüttüğü siyasi bir çalışmaydı. NATO’nun 17 Aralık 2011 yılında son verdiği eğitim görevi, hem örgüt komutasında olan NTM-I üst kademesi hem de ABD komutasında olan Deputy Commanding General Advising and Training ile eşgüdümlü sürdürülmekteydi.
5. NATO Tarafından Aden Körfezi’nde Konsanlıkla Mücadele: Operasyonun adı, Okyanus Kalkanı Harekatı’dır. Müdahale kararı 17 Ağustos 2009 tarihinde verildi. Amaç, Aden Körfezi ve Hin Okyanusu’nda süren ve deniz ticaretine zarar veren Somalili Korsanların kontrol altında tutulmasıydı. Bu operasyonda NATO güçleri ABD savaş gemileri tarafından desteklenmekteydi. Kuzey Atlantik Konseyi tarafından onaylanan Okyanus Kalkanı Operasyonu, Dünya Gıda Programı çerçevesinde Somali’de yardım dağıtan müttefik gemilerini korumakla görevlidir. Ayrıca bu koruma etkinliğine Çin ve Güney Kore savaş gemileri de katıldı.
6. NATO’nun Libya Müdahalesi: Libya müdahalesi, Muammer Kaddafi ve ülkedeki protestocular arasındaki şiddetin artmasının ardından gündeme geldi. NATO’nun bölgeye müdahalesi, 17 Mart 2011 tarihli ve BM Güvenlik Konseyi’nin 1973 sayılı kararı ile gerçekleşti. NATO üyesi birçok devlettin askerlerinden ve birliklerinden oluşan kuvvetler Libya üzerinde uçuş yasağı olan bir bölge oluşturdular. 2011 yılının Mart ayında birleşik deniz kuvvetleri, Birleşik Koruyucu Harekatı, NATO Daimi Deniz Görev Grubu 1 ve NATO Daimi Mayın Karşıtı Tedbir Grubu 1 gemilerini kullandı. Bu operasyon ve alınan tedbirlerle Libya’ya silah ambargosu uygulandı. Bu birliklerin asli görevi, Libya hükümetinin paralı asker ve silah getirmesini engellemekti.
NATO 24 Mart tarihinde aldığı bir kararla uçuşa yasak bölgedeki kontrolü devraldı; fakat karadan yürütülen operasyonların komutası koalisyon güçlerinde kalmaya devam etti. 2011 yılının 27 Martında Birleşik Arap Emirlikleri ve Katar’ın desteğiyle BM kararı uygulanmaya başlandı. Bu operasyonun kurul tarafından oy çokluğu ile kabul edilmediği daha sonra anlaşılacaktır. Haziran ayında elde edilen verilere göre NATO üyesi olan 28 devletten sadece 8 tanesi Libya müdahalesine dahil olmuştur. bu ayrışmanın ardından örgütün Libya üzerindeki müdahalesinin abartıldığı konusu gündeme atıldı. Bu iddia Hollanda, İspanya, Polonya, Türkiye gibi devletlerin ABD’nin bu operasyondaki aktifliğine sunulan bir tepki niteliğindeydi. Fakat 10 Haziran tarihinde Brüksel’de yapılan zirvede Amerikan Savunma Bakanı Robert Gates, müttefik ülkelerin son operasyonlardaki davranışlarının örgütün ömrünü azalttığının altını çizdi. Fakat Almanya bu platformda bir konuya daha vurgu yaptı. Evet Almanya NATO çizgisinde birçok operasyonda aktif olarak en önlerde yer aldı ve askeri olarak destekledi. Fakat bu destek ve kararlılık Amerika Başkanı Barack Obama tarafında ne kadar değer görüyordu ki?
Eylül ayına kadar uzatılması düşünülen Libya müdahalesinde Norveç, operasyona olan katkısını azaltma kararı ile birlikte 1 Ağustos itibariyle müdahaleden çekileceğini bildirdi. Aynı hafta içinde Danimarka uçaklarının mühimmatı bitmek üzereydi. Bir sonraki hafta ise İngiltere Kraliyet ailesi tarafından yapılan bir açıklama ile ülkenin bu müdahalede bulunmasının artık bir şey ifade etmediğine dikkat çekiliyordu. Fakat 2011 yılının Ekim ayında Kaddafi, protestocular tarafından linç edildi ve öldürüldü. Bu ölümün ardından NATO uçakları Kaddafi yanlılarına ait nokta hedefleri 9.500 kez bombardımana tuttu. Libya hükümetinin başında bulunan Ali Zeydan, 2013 tarihinde düzenlenen bir darbe girişiminin ardından NATO’dan teknik ve kurulsal düzeyde eğitmen talebinde bulundu.